Mohammad Rasololah

داستان از سال ۱۰ بعثت محمد و زمانی که مسلمانان در تحریم اقتصادی هستند شروع می‌شود. ابوسفیان با بازی داریوش فرهنگ از ابوطالب که پیر است می‌خواهد که به محمد بگوید که خدا را در دلش نگه دارد. ابوطالب به اتاق نبی اسلام می‌رود و پیامبر در حال نماز خواندن است و بعد از سوره حمد سوره فیل را می‌خواند و سپس در یک فلش‌بک که اکثر فیلم را شامل شده به سال عام الفیل و تولد پیامبر و دوران کودکی وی از زبان خود ابوطالب به عنوان راوی فیلم می‌رود.
در سال عام الفیل، ابرهه یکی از سرداران لشکر حبشه به دستور پادشاه این سرزمین به مکه لشکرکشی می‌کند تا کعبه را از بین ببرد. ابرهه به وسیلهٔ چندین هزار نفر با فیل، اسب و تجهیزات جنگی فراوان به سوی شهر مکه می‌آیند ولی در نزدیکی مکه که حریم مکه به شمار می‌رود، فیل‌ها به جلو پیش نمی‌روند و تعداد بسیار زیادی پرنده به نام ابابیل در حالی که سنگ‌هایی در میان نوک خود دارند، بر سر ارتش ابرهه فرو می‌ریزند و همه را از بین می‌برند.
پس از پایان فلش‌بک، داستان دو مرتبه به سال ده بعثت و اوضاع بد مسلمانان تحریم شده ساکن در بیرون مکه برمی‌گردد و در ادامه روایت نمایان شدن قرارداد تحریم‌ها علیه مسلمانان خورده شده توسط موریانه‌ها به تصویر کشیده می‌شود.
فیلم محمد از محاصره مسلمانان در شعب ابی‌طالب آغاز می‌شود و به پیش از میلاد پیامبر اسلام بازمی‌گردد. صحنه‌های درگذشت مادر محمد در روستای ابواء و صحنه‌های مربوط به دوران شیرخوارگی و خردسالی پیامبر در روستای سعدیه هم از دیگر بخش‌های فیلم است. فیلم محمد با اولین سفر پیامبر به شام و رسیدن به صومعه بحیرا به پایان می‌رسد. «بحیرا» راهبی مسیحی است که دربارهٔ ظهور آخرین پیامبر به ابوطالب بشارت می‌دهد